可以試試看
1.不要篩選.*，把欄位一個一個列出來
2.不要用FROM IN30 a, IN20 b，改成用 FROM IN30 a INNER JOIN IN20 b ON a.uid = b.uid WHERE b.data_sts = 'Y' ... ...

可是我改了之後 我連跑一個資料欄也要跑到2分鐘

select b.uid FROM IN30 a INNER JOIN IN20 b ON a.uid = b.uid WHERE b.data_sts ='Y' and a.online='Y' group by a.invoice_id

目前的狀況
我可以顯示出第一頁(也就是20筆資料)
也算的出總資料數
但是我只要換到下一頁 就一片空白
這不曉得是哪裡出了問題

1.我沒有這樣使用過GROUP BY，我猜也許是GROUP BY的問題
2.會一片空白應該是你SQL語法的問題，你要去攔截你的SQL語法，看看哪個地方有問題
SQL相關語法可以參考 這一篇

我用類似的語法跑起來是還蠻快的，
不過可能是我資料量比較少的關係吧...

話說回來，
2分鐘比20幾分鐘好多了吧，
你再加上後面的語法試試看，
有LIMIT應該會比較快

我改了group by
現在變成1分半就可跑完
而且也跑的出來第二頁只是要等比較久(大概10秒左右)
但是第三頁跟之前第二頁一樣
是一片空白
還有辦法再讓它跑更快嗎

結果你的全部的語法是什麼？
跑1,2分鐘感覺還是有點慢。

主要要跑很久的語法就是兩個
一個是
select b.uid FROM IN30 a INNER JOIN IN20 b ON a.uid = b.uid WHERE b.data_sts ='Y' and a.online='Y' group by b.invoice_id
還有一個是
select b.invoice_batch_no,b.invoice_id,b.issue_date,b.issue_year,b.issue_month,b.issue_day,b.oi_name1,b.oi_name2,b.i_corporation_name,b.o_amount,b.i_amount,b.tax_amount,b.invoice_status_id,b.employee_id,b.dept_id FROM IN30 a INNER JOIN IN20 b ON a.uid = b.uid WHERE b.data_sts ='Y' and a.online='Y' group by b.invoice_id order by b.invoice_id desc limit 0, 20

以下是用explain 觀察的 這兩行語法各跑一樣的行數
其中b table跑了12324行
a table跑了22908行

補充一下
第一個語法是在跑所有的資料
第二個語法是跑要顯示在目前網頁上的資料

還有我發現
它每一頁都要跑一段時間
當我重新再進來的時候
便跑很快
感覺很像跟buffer之類有關?

每行都跑一定會比較慢的，
不過有什麼理由一定要全部跑完呢?
通常是不會這樣做的。

我不知道這樣group by 的意義為何，
其他欄位的資料會不一樣嗎，
還是針對同樣b.invoice_id的其他欄位資料都會一樣?

SQL會將有用過的SQL語法暫存在記憶體，
如果又呼叫了會馬上從記憶體撈資料，
所以速度會變快很多。

因為in20是屬於主檔 而in30是屬於明細檔的部分
所以如果不用group by 的話
會找到很多筆重複的uid

既然是明細為什麼只列出一筆，
還是你要的是最新的那一筆?

我是要印出主檔
明細的部分可以藉由點擊主檔
進入到另一個PHP檔
看到該檔的明細